კრემლის მიერ გავრცელებული ინფორმაციით, რამდენიმეწლიანი დამამცირებელი წარუმატებლობების შემდეგ, რომელიც რუსეთის კოსმოსურმა პროგრამამ განიცადა, პრეზიდენტმა ვლადიმერ პუტინმა კოსმოსური სააგენტო „როსკოსმოსის“ ხელმძღვანელი თანამდებობიდან გაათავისუფლა. იური ბორისოვი ამ თანამდებობას 2022 წლის ივლისიდან იკავებდა. ის 2023 წლის აგვისტოში კოსმოსური ზონდის, „ლუნა-25“-ის ავარიულ დაშვებას ხელმძღვანელობდა, რომელიც მოსკოვის პირველი ექსპედიცია იყო მთვარეზე ბოლო თითქმის 50 წლის განმავლობაში. კრემლის ცნობით, ბორისოვი ტრანსპორტის მინისტრის მოადგილემ და სატელიტური კომპანიის ყოფილმა ხელმძღვანელმა, 39 წლის დიმიტრი ბაკანოვმა შეცვალა. პუტინის პრესმდივანმა, დიმიტრი პესკოვმა აღნიშნა, რომ ეს ნაბიჯი „როტაციის“ ნაწილი იყო და დასძინა: „კორპორაცია დინამიურად უნდა განვითარდეს“.
ბორისოვი ხშირად აჟღერებდა ექსტრავაგანტულ იდეებს რუსული კოსმოსური პროგრამის განვითარების შესახებ, მაგრამ უჭირდა მათი განხორციელება. ერთ-ერთი ასეთი იდეა იყო ჩინეთთან ერთად მთვარეზე ბირთვული რეაქტორის შექმნა. მოსკოვი ოდესღაც კოსმოსური ფრენების პიონერად მიიჩნეოდა, მაგრამ სსრკ-ს დაშლის შემდეგ, სამეცნიერო პერსონალის ნაკლებობისა და არასტაბილური დაფინანსების გამო, პრობლემები შეექმნა, რამაც გამოიწვია მისი ჩამორჩენა ისეთ კონკურენტებთან, როგორებიც აშშ და ჩინეთი არიან. საერთაშორისო კოსმოსური სადგურის რუსულ სეგმენტზე ორ წელზე მეტი ხნის განმავლობაში გამაგრილებელი სისტემიდან სამი გაჟონვა მოხდა და მოსკოვმა მიანიშნა, რომ 2028 წელს პროექტიდან გასვლას და საკუთარი ორბიტული სადგურის აშენებას აპირებს. 2023 წელს ბორისოვი გამოვიდა გაფრთხილებით, რომ სადგურზე არსებულ რუსული აღჭურვილობის უმეტესობას საგარანტიო ვადა ამოეწურა და საერთაშორისო კოსმოსური სადგური, მთლიანობაში, „თავისი არსებობის ფინიშს უახლოვდებოდა“.
ბორისოვის ხელმძღვანელობის პერიოდში, „როსკოსმოსს“ კორუფციასთანაც უწევდა გამკლავება. 2023 წლის დეკემბერში პროკურორებმა „როსკოსმოსის“ დირექტორის მოადგილეს და მის ორ სხვა თანამზრახველს კრიზისით ისედაც დაზარალებული სექტორიდან დაახლოებით 4,5 მილიონი დოლარის მითვისებაში წაუყენეს ბრალი.